หลังจากที่สมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนีเสด็จสู่สวรรคาลัย เมื่อวันที่ ๑๘ กรกฎาคม พุทธศักราช ๒๕๓๘ ประชาชนชาวเชียงรายร่วมกับหน่วยราชการในจังหวัดเชียงรายเห็นพ้องต้องกันว่า โดยที่สมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนีทรงมีพระมหากรุณาธิคุณอันยิ่งใหญ่ไพศาลต่ออาณาประชาราษฎร์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งประชาชนชาวเชียงรายที่ได้ทรงเลือกจังหวัดเชียงรายเป็นสถานที่สร้างพระตำหนัก หรือบ้านหลังแรกของพระองค์ และทรงริเริ่มโครงการพัฒนาดอยตุง ซึ่งได้นำความเจริญรุ่งเรือง มายังจังหวัดและประเทศชาติอย่างใหญ่หลวง ฉะนั้น เพื่อแสดงความจงรักภักดีตลอดจนเพื่อสนองพระราชปณิธานของพระองค์ในการอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม รวมทั้งการพัฒนาคน จึงได้เสนอให้มีการจัดตั้งมหาวิทยาลัยในจังหวัดเชียงรายต่อรัฐบาลที่มีนายบรรหาร ศิลปอาชา เป็นนายกรัฐมนตรี
การดำเนินการเพื่อการจัดตั้งมหาวิทยาลัยที่จังหวัดเชียงราย ได้มีความคืบหน้าเป็นลำดับ รัฐบาลนายบรรหาร ศิลปอาชา ได้มีมติเมื่อวันที่ ๕ มีนาคม พุทธศักราช ๒๕๓๙ ให้จัดตั้งสถาบันอุดมศึกษาที่จังหวัดเชียงราย โดยอาจยกฐานะสถาบันราชภัฏเชียงรายขึ้นเป็นมหาวิทยาลัยก็ได้ ต่อมารัฐบาลพลเอก ชวลิต ยงใจยุทธ ได้มีมติใหม่ เมื่อวันที่ ๑๘ กุมภาพันธ์ พุทธศักราช ๒๕๔๐ ให้จัดตั้งมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ขึ้นเป็นมหาวิทยาลัยแห่งใหม่ในจังหวัดเชียงราย และได้มีการตราพระราชบัญญัติจัดตั้งมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงขึ้นเมื่อวันที่ ๒๕ กันยายน พุทธศักราช ๒๕๔๑ ในสมัยรัฐบาลนายชวน หลีกภัย
มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงได้รับงบประมาณในการดำเนินการเพื่อการเตรียมการจัดตั้ง ตั้งแต่ปีงบประมาณ พ.ศ. ๒๕๔๑ และงบประมาณในการดำเนินการก่อสร้างมหาวิทยาลัยในปีงบประมาณ พ.ศ. ๒๕๔๒ เป็นเงินรวมทั้งสิ้น ๒,๓๒๕ ล้านบาท การก่อสร้างตามโครงการระยะแรกเสร็จสมบูรณ์ เมื่อวันที่ ๖ พฤษภาคม พุทธศักราช ๒๕๔๗ ใช้เวลาในการก่อสร้างประมาณ ๕ ปี บนพื้นที่ ๔,๙๙๗ ไร่ ณ บริเวณดอยแง่ม อำเภอเมืองเชียงราย จังหวัดเชียงราย